• Platforma Galaxy do analizy i przetwarzania danych
• Skrypty (ang. pipelines) do analizy danych
  • DNA-Seq
    • Wykrywanie wariantów – BWA/Bowtie2, GATK, GEMINI
    • Wykrywanie polimorfizmów liczby kopii (ang. CNV) – XHMM
    • Wykrywanie genów przyczynowych w chrobach rzadkich – PhenGen
  • RNA-Seq
    • Wykrywanie wariantów – STAR, TopHat2, GATK
    • Analiza różnicowa microRNA – SHRiMP, DESeq2
    • Wykrywanie fuzji genowych – TopHat2, ChimeraScan, Chimera
  • Metagenomika – Amplikony 16S
    • Analizy bioróżnorodności – QIIME
    • Analizy taksonomiczne – QIIME
  • Proteomika
    • Trans-Proteomic Pipeline

Biostatystyka

• Analizy statystyczne – R
• Analiza pokrewieństwa (ang. kinship) – KING