Analiza danych

  • Platforma Galaxy do analizy i przetwarzania danych
  • Skrypty (ang. pipelines) do analizy danych
    • DNA-Seq
      • Wykrywanie wariantów – BWA/Bowtie2, GATK, GEMINI
      • Wykrywanie polimorfizmów liczby kopii (ang. CNV) – XHMM
      • Wykrywanie genów przyczynowych w chrobach rzadkich – PhenGen
    • RNA-Seq
      • Wykrywanie wariantów – STAR, TopHat2, GATK
      • Analiza różnicowa microRNA – SHRiMP, DESeq2
      • Wykrywanie fuzji genowych – TopHat2, ChimeraScan, Chimera
    • Metagenomika – Amplikony 16S
      • Analizy bioróżnorodności – QIIME
      • Analizy taksonomiczne – QIIME
    • Proteomika
      • Trans-Proteomic Pipeline

Biostatystyka

  • Analizy statystyczne – R
  • Analiza pokrewieństwa (ang. kinship) – KING
Wielkość fontu
Kontrast