W Ośrodku Genomiki Medycznej – OMICRON, w dniach w dniach 11-15 stycznia br., odbyły się warsztaty pt. „Network Biology Workshop: Cytoscape”, poświęcone wykorzystaniu najnowszych narzędzi bioinformatycznych w analizie danych wielkoskalowych: genomicznych, transkryptomicznych i proteomicznych.

W pierwszych trzech dniach warsztatów uczestnicy poznawali teorię grafów w kontekście interakcji biologicznych różnych typów, zapoznali się z wprowadzeniem do biologii sieci oraz ze sposobem wykorzystania grafów do analizy ścieżek sygnałowych. Zajęcia teoretyczne były przeplatane ćwiczeniami komputerowymi z wykorzystaniem programów Cytoscape, R oraz różnych aplikacji internetowych. Tą część warsztatów prowadził dr Zbigniew M. Rogon z The European Molecular Biology Laboratory (EMBL, Heidelberg, Niemcy). W czwartym dniu warsztatów, dr Pablo Porras Millan z The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI, Hinxton, Wielka Brytania) dał wykład na temat serwisu molekularnych interakcji (PSICQUIC) oraz bazy danych IntAct. W trakcie sesji praktycznej, uczestnicy pobierali informacje o interakcjach bezpośrednio z baz danych lub przy pomocy Cytoscape’a, wykorzystując język zapytań MIQL. W ostatnim dniu warsztatów, wykład podsumowujący poprowadził prof. Rob Ewing z Uniwersytetu w Southampton, podczas którego zaprezentował sposób implementacji biologii systemów do badań nad rakiem jelita grubego.

Warsztaty prowadzili zaproszeni goście oraz pracownicy ośrodka: mgr Agnieszka Borys, dr Agnieszka Ludwig-Gałęzowska, mgr Piotr Radkowski, dr Maciej Suski, dr Justyna Totoń-Żurańska oraz dr Gracjan Wątor. Wydarzenie to odbyło się dzięki zaangażowaniu pracowników ośrodka oraz przy wsparciu finansowym Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego Wydziału Lekarskiego UJ CM.

• Matt Z. Rogon – Centre for Biomolecular Network Analysis, EMBL Heidelberg, Niemcy
• Rob Ewing – Centre for Biological Sciences , University of Southampton, Anglia 
• Pablo Porras Millan – Scientific Database Curator – Orchard team: Molecular Interactions EMBL-EBI, Anglia

Program warsztatów